Em 2010, o Programa comportava seis Linhas de Pesquisa, eram elas: a) Escravidão e História Atlântica, b) História dos Movimentos e das Relações Sociais, c) História Política, d) História da Cultura, e) Cultura e Poder; f) História da Ciência e da Técnica; g) Cultura Material e visual, documentação e patrimônio.
As Linhas de Pesquisa reúnem pesquisadores de distintas áreas, estimulando investigações articuladas de forma transversal, buscam temas, questões e fontes. Tal perspectiva visa a ampliação do campo de estudos, abertura teórica e constituição de novas temáticas no âmbito da História Social.
Cada Linha de Pesquisa conta com um Coordenador e promove atividades voltadas aos seus interesses específicos. As Linhas servem de eixo orientador na organização de Seminários de Pesquisa, que ocorrem a cada semestre, envolvendo orientadores e orientandos. São eventos em que os alunos apresentam resultados parciais das pesquisas de Mestrado e de Doutorado, cujo debate promove o adensamento do trabalho em questão.
Para dar integração à transversalidade das linhas, destaca-se a importante atuação dos Laboratórios vinculados ao Programa de História Social.