O Programa comportava seis Linhas de Pesquisa, eram elas:

                 a. Agricultura, Estrutura Fundiária e Mercados
                 b. Demografia, Escravidão e Trabalho
                 c. Economia da Cultura
                 d. Indústria, Tecnologia e Urbanização
                 e. Instituições e Políticas Públicas
                 f. Patrimônio e História das Empresas
                 g. Teoria, Historiografia e Pens. Econômico 

As Linhas de Pesquisa reúnem pesquisadores de distintas áreas, estimulando  investigações articuladas de forma transversal, buscam  temas, questões e fontes. Tal perspectiva visa a ampliação do campo de estudos, abertura teórica e constituição de novas temáticas no âmbito da História Econômica.

Cada Linha de Pesquisa conta com um Coordenador e promove atividades voltadas aos seus interesses específicos. As Linhas servem de eixo orientador na organização de Seminários de Pesquisa, que ocorrem a cada semestre, envolvendo orientadores e orientandos. São eventos em que os alunos apresentam resultados parciais das pesquisas de Mestrado e de Doutorado, cujo debate promove o adensamento do trabalho em questão.

Para dar integração à transversalidade das linhas, destaca-se a importante atuação dos Laboratórios vinculados ao Programa de História Econômica.

a. Agricultura, Estrutura Fundiária e Mercados
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Contempla estudos sobre as transformações históricas da agricultura, bem como sobre as mudanças que se processaram na estrutura fundiária dos diversos complexos agrícolas. Há espaço para análises voltadas para a organização dos mercados de terra e de gêneros agrícolas, para as inovações técnicas aplicadas à agricultura, para as estratégias de comercialização dos bens agrícolas e para a ascensão da agroindústria no Brasil e em outras partes do mundo. Também fazem parte do rol temático desta linha, pesquisas que tratam dos diversos tipos de atividade comercial, tais como: comércio atlântico, comércio interno e externo, comércio interprovincial, de abastecimento, de bens e serviços, etc.

1. Daniel Strum
2. Dário Horário Gutiérrez Gallardo
3. Iris Kantor
4. José Jobson de Andrade Arruda
5. Luiz Bernardo Murtinho Pericás
6. Maximiliano Mac Menz
7. Rodrigo Monteferrante Ricupero
8. Rogério Monteiro Siqueira
9. Vera Lucia Amaral Ferlini
10. Rodrigo Goyena

b. Demografia, Escravidão e Trabalho
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Envolve estudos de demografia história e demografia da escravidão, além de pesquisas sobre os diversos aspectos relacionados ao mundo do trabalho. A linha incorpora também estudos sobre gênero, família, dinâmica populacional, dentre outras temáticas relacionadas à formação e ao desenvolvimento do mercado de trabalho em diferentes contextos locais e temporais.

1. José Flávio Motta
2. Horário Gutiérrez
3. Lelio Luiz de Oliveira

c. Economia da Cultura
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Privilegia a análise econômica de objetos relacionados às produções simbólicas e materiais das sociedades. Tem lugar nesta linha a análise econômica do espetáculo cênico (teatro, música, dança), do mercado de arte, do patrimônio e das indústrias culturais (livro, disco, cinema, moda, propaganda). Reflete-se sobre questões relacionadas ao mercado de bens simbólicos, ao consumo de bens culturais e às políticas públicas voltadas para diversos segmentos culturais (intelectuais, religiosos e artísticos).

1. Arlene Elizabeth Clemesha
2. José Flávio Motta
3. Lincoln Ferreira Secco
4. Luiz Renato Martins
5. Marisa Midore Deaecto
6. Raquel Glezer
7. Rogério Monteiro Siqueira
8. Sara Albieri

d. Indústria, Tecnologia e Urbanização
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Tem como objetos privilegiados de estudo as cidades e a economia urbana. As pesquisas vinculadas à linha devem enfatizar as novas relações estabelecidas entre os homens e o desenvolvimento da ciência e da tecnologia, assim como com os novos padrões de sociabilidade constituídos a partir do processo de urbanização. Fazem parte desta linha pesquisas sobre o desenvolvimento tecnológico, a formação de setores industriais, os projetos de urbanização e de intervenção no espaço urbano, além de perspectivas sobre as ações sociais relacionadas às transformações das cidades, à evolução da produção industrial e ao desenvolvimento científico.

1. Alexandre Macchione Saes
2. Ivan Salomão
3. Lelio Luiz de Oliveira
4. Lincoln Ferreira Secco
5. Marisa Midore Deaecto
6. Osvaldo Luis Angel Coggiola
7. Raquel Glezer
8. Rogério Monteiro Siqueira
9. Sara Albieri

e. Instituições e Políticas Públicas
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Comporta estudos sobre as diversas instituições políticas, econômicas e sociais existentes tanto em contextos nacionais como internacionais. Além disso, a linha também se volta para a análise da atuação de empresas, consumidores e organizações da sociedade civil envolvidos no processo de tomada de decisões. Pesquisas sobre a origem e o desenvolvimento dos Estados Nacionais, a institucionalização de regras sociais e econômicas, além dos instrumentos de políticas públicas, são alguns dos diversos temas que encontram guarida nesta linha.

1. Alexandre de Freitas Barbosa
2. Ana Paula Tavares Magalhães Tacconi
3. Everaldo de Oliveira Andrade
4. Guilherme Grandi
5. Iris Kantor
6. Ivan Salomão
7. Jorge Luis da Silva Grespan
8. José Flávio Motta
9. José Jobson de Andrade Arruda
10. Luciana Suarez Lopes
11. Marcelo Candido da Silva
12. Maximiliano Mac Menz
13. Osvaldo Luis Angel Coggiola
14. Renato Perim Colistete
15. Rodrigo Monteferrante Ricupero
16. Vera Lucia Amaral Ferlini
17. Rodrigo Goyena

f. Patrimônio e História das Empresas
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Abarca estudos relacionados ao processo de acumulação de riqueza tanto individual como empresarial. Assim, fazem parte desta linha estudos sobre a evolução patrimonial das sociedades, mediante o uso de documentação como inventários post-mortem, registros de imóveis e de hipotecas, entre outros, assim como estudos de história de empresas por meio de relatórios empresariais, balanços contábeis, etc. A linha engloba a análise da constituição, ou mesmo da destruição, do patrimônio de indivíduos, de famílias, de empresas e, de maneira mais ampla, de sociedades.

1. Francisco de Assis Queiroz
2. Gildo Magalhães dos Santos Filho

g. Teoria, Historiografia e Pensamento Econômico
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Destina-se a reflexão histórica acerca da produção intelectual relacionada ao campo da história econômica. A linha inclui estudos sobre a construção do conhecimento histórico no tempo, atentando para o lugar da história econômica e para suas relações com outras linhagens historiográficas. Nesse sentido, a linha abre espaço para a discussão sobre métodos e tendências teóricas envolvidos na produção historiográfica. Também fazem parte desta linha pesquisas sobre as trajetórias das ideias econômicas no tempo e no espaço, mediante o uso de fontes relativas à produção intelectual sobre questões econômicas, teóricas e práticas, em diferentes contextos históricos.

1. Alexandre de Freitas Barbosa
2. Alexandre Macchione Saes
3. Ana Paula Tavares Magalhães Tacconi
4. Antônio Carlos Mazzeo
5. Arlene Elizabeth Clemesha
6. Everaldo de Oliveira Andrade
7. Francisco de Assis Queiroz
8. Guilherme Grandi
9. Horário Gutiérrez 
10. Ivan Salomão
11. Jorge Luis da Silva Grespan
12. José Jobson de Andrade Arruda
13. Lelio Luiz de Oliveira
14. Lincoln Ferreira Secco
15. Luiz Bernardo Murtinho Pericás
16. Osvaldo Luis Angel Coggiola
17. Sara Albieri
18. Wilson do Nascimento Barbosa